Post-Doctorant ERC KINTSUGI DUPIN F/H

Vous serez intégrez au sein du groupe « BPCO » de l’équipe « Remodelage Bronchique », qui compte une dizaine de personne sous la direction du Pr Isabelle Dupin. Vous serez impliqué dans le développement de l’atlas cellulaire de la niche des glandes sous-muqueuses pulmonaires et l’analyse transcriptomique à l’échelle de la cellule unique des modèles organoïdes. Ces analyses seront mises en relation avec des données cliniques, en particulier à l'état de résilience clinique du donneur dont les tissus/cellules ont été prélevés. Il·elle contribuera également à l’analyse spatiale et morphométrique des différentes structures bronchiques grâce à l’établissement d’un modèle basé sur l’intelligence artificielle exploitant des images H&E, et au développement des modèles mathématiques (en collaboration avec des mathématicien·nes).

Vous serez intégrez au sein du groupe  « BPCO » de l’équipe « Remodelage Bronchique », qui compte une dizaine  de personne sous la direction du Pr Isabelle Dupin. Vous serez impliqué dans le développement de l’atlas cellulaire de la niche des glandes sous-muqueuses pulmonaires et l’analyse transcriptomique à l’échelle de la cellule unique des modèles organoïdes. Ces analyses seront mises en relation avec des données cliniques, en particulier à l'état de résilience clinique du donneur dont les tissus/cellules ont été prélevés. Il·elle contribuera également à l’analyse spatiale et morphométrique des différentes structures bronchiques grâce à l’établissement d’un modèle basé sur l’intelligence artificielle exploitant des images H&E, et au développement des modèles mathématiques (en collaboration avec des mathématicien·nes).Nous recherchons un chercheur titulaire d’un doctorat. Un diplôme de bioinformatique et/ou et d’ingénieur·e dans le domaine de la biologie est un atout pour ce poste.Cette fonction requiert :·         Une expérience en analyse de données de transcriptomique spatiale et intégration avec des données unicellulaires·         Une expérience en analyse d’images (logiciel Qupath si possible)·         Une maîtrise de l'environnement Linux et des langages de programmation R, Python et BashL’Université de Bordeaux est une grande université dynamique, responsable, attentive au bien-être de ses personnels. La rejoindre, c’est travailler dans un cadre privilégié au sein d’une communauté professionnelle particulièrement diverse et ouverte, en bénéficiant de dispositifs d’accueil et d’inclusion, de formation et de mobilité interne. C’est participer à une aventure académique, scientifique et humaine. C’est s’engager à relever les défis du XXIe siècle. Activités principales Analyse transcriptomique à l’échelle de la cellule unique :o    Clusterisation, annotationo    Signatures transcriptomiqueso    Analyse de trajectoire de différentiationo    Analyse des interactions cellulaireso    Construction et analyse du réseau de régulation génique des cellules (outils SCENIC et GRaNPA)  Analyse transcriptomique spatiale  Analyse spatiale et morphométrique des tissus bronchiques  Participation au développement des modèles mathématiques  Mise en forme des résultats, présentation et rédaction d’articles scientifiques·         Une maîtrise et une appétence pour les outils mathématiques et computationnels·         Une connaissance de la physiologie respiratoire (non obligatoire mais appréciable)La maîtrise de l’anglais scientifique, des outils d’analyse statistique (Excel, GraphPad) ainsi que de bonnes capacités rédactionnelles pour la rédaction d’articles scientifiques sont attendues. Une expérience avérée dans le domaine de l’analyse transcriptomique à l’échelle de la cellule unique est souhaitéeAu-delà des compétences techniques, nous recherchons une personne dynamique, curieuse, ouverte et dotée d’un bon sens de la communication, capable d’évoluer au sein d’un environnement interdisciplinaire et collaboratif.Vous souhaitez contribuer à la recherche sur les maladies pulmonaires ? Rejoignez le Centre de Recherche Cardio-Thoracique de Bordeaux (CRCTB) de l’Université de Bordeaux !Cette unité développe une recherche physiopathologique et translationnelle centrée sur les grands domaines de la pathologie cardio-thoracique que sont : l'asthme et broncho-pneumopathie chronique obstructive (BPCO), l'hypertension artérielle pulmonaire (HTAP), les troubles du rythme cardiaque et le remodelage vasculaire. Dans le cadre du projet de recherche KINTSUGI, nous recrutons un Post-Doctorant pour deux ans.