Ingénieur(e) d'Etudes (H/F) en Biologie Moléculaire/Génomique
Description des missions
Missions :
Le ou La Ingénieur(e) d'Etudes participera au projet CHARMs (ANR) visant à décrypter les mécanismes de répression du VIH-1 par le complexe HUSH (TASOR/MPP8/PPHLN-1), en intégrant expériences de génomique (CUT&Tag, CUT&RUN, DRIP-seq, ATAC-seq) et analyses bioinformatiques. Il ou elle contribuera à la préparation d’échantillons, leur analyse et aux projets en cours dans le groupe de recherche RNA metabolism and HIV latency (https://institutcochin.fr/en/research-project/rna-metabolism-and-hiv-latency).
Activités :
-Culture cellulaire (Jurkat ; HeLa), transfections/électroporations, CRISPR/Cas9 simples (KO/complémentations) et CRISPRi.
-Préparation d’échantillons pour CUT&Tag / CUT&RUN / ATAC-seq, smRNA-FISH/IF, Co-IP, Western-Blot, Nuclear Run On.
*Activités Transversales:
-Communication interne (réunions d’avancement), Gestion des réactifs/anticorps, tenues de cahier, traçabilité.
-Analyse de données & pipelines (Optionnel mais véritable atout):
QC (FastQC/MultiQC), alignements (Bowtie2), filtrages, peak calling (p. ex. HOMER/MACS), intersections (bedtools), matrices & heatmaps (deepTools), tracks bigWig & IGV.
Contexte de travail :
Le/la IE rejoindra le jeune groupe de Roy Matkovic à l’Institut Cochin UMR8104, Paris, au sein d’un projet ANR JCJC (CHARMs) pour un contrat de 36 mois en fonction du profil du ou de la candidat(e). Le groupe fait partie de l'équipe Retrovirus, Infection et Latence, et travaille ainsi en étroite interaction avec les groupes de l'équipe mais aussi avec les plateformes locales notamment GENOM’IC (NGS), et le HUB’IC (bioinfo). Des collaborations actives sont prévues (ex. Mickael Blaise, IRIM Montpellier, Catherine Lavazec - Institut Cochin sur l'ANR PlasmoHost).
Profil recherché
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.