Ingénieur biologiste en traitement de données – Bio-informaticien (F/H)

Mission principaleL’agent se verra confier l’analyse bio-informatique de données génétiques, transcriptomiques et épigénétiques en collaboration avec les membres de l’équipe I (Human Genetics), de la plateforme de bio-informatique GenoBiRD de l’institut du thorax (https://umr1087.univ-nantes.fr) et des collaborateurs internationaux participant aux projets.Activités principales·         Développer, tester et implémenter des pipelines d’analyse bio-informatiqueConnaissances·         Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie)·         Maitrise des différents langages de programmation·         Utilisation d’un cluster informatique·         Connaissances des concepts en génétique humaine et génétique des populations·         Veille bibliographique (PubMed)·         Maitrise du travail sous linux en ligne de commande ('bash')L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique. ·         Analyser des données et discuter des résultats avec les membres de l’équipe·         Mettre en forme des résultats en vue de publications·         Organiser le stockage des données·         Assurer un support pour les étudiants en thèse du groupe·         Conseiller et former aux techniques et outils développés (stagiaires…)·         Participer aux réunions de recherche et développement de nouvelles approches·         Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité·         Possibilité de participer aux groupes de travail de la plateforme BiRD·         Être familier avec les formats de fichiers associés au séquençage à haut-débit (FASTQ, BAM, VCF...)·         Cadre légal et déontologique·         Langue anglaise B1 à B2Savoir-faire·         Maitrise de langages de programmation compilés (java/c/c++/...), scripté (python/perl...) ainsi que le langage 'R'·         Maitrise des gestionnaires de pipelines (make/snakemake/nextflow...)·         Rédaction et mise à jour de procéduresAptitudes·         Interactions indispensables avec l'ensemble des interlocuteurs en anglais·         Ouverture à la collaboration interdisciplinaire et au travail en équipe·         Capacité de raisonnement analytique·         Être en mesure d'assurer la reproductibilité de ses résultats·         Organisation du travail afin d’aboutir à des scripts robustes et documentés, sauvegardés et partagés sur serveur git·         Autonomie, sens de l’organisation et pédagogieExpérience souhaitée·         Connaissance en analyse bio-informatique et bio-statistique de données NGS·         Expérience en langages de programmation·         Connaissances en biologieNiveau de diplôme et formation(s)Master / Diplôme d’ingénieurRejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.L’unité de recherche de l’institut du thorax, INSERM UMR1087 / CNRS UMR6291Equipe I - Génétique Humainehttps://umr1087.univ-nantes.fr/Notre unité de recherche - qui se trouve à l'IRS-UN, un bâtiment universitaire situé à côté du CHU dans le centre-ville de Nantes - est dédiée à l’étude de la génétique et de la physiopathologie des maladies humaines touchant le cœur, les artères, les poumons et le métabolisme.Depuis sa création en 1996, notre laboratoire a connu une croissance continue, passant de 15 personnes à environ 200 aujourd'hui. Ce développement régulier illustre notre capacité à promouvoir les carrières de recherche et à attirer de brillants scientifiques français et étrangers.L’unité de recherche fait partie intégrante de l’institut du thorax qui conduit des projets de recherche translationnelle en lien avec les médecins (au sein des services cliniques) et les personnels de recherche clinique (au sein du centre d’investigation clinique : CIC) du CHU de Nantes.Directeur : Richard Redon