Université Lyon 1 - Chargé de projets (H/F)

La mission principale de l'ingénieur d'étude en bioinformatique sera le développement de pipeline de métagénomique virale (assignation taxonomique, assemblage, prédiction des hôtes potentiels ... ) et la mise a disposition de bases de données de référence de génomique virale utilisées. La personne recrutée développera plus particulièrement des chaines de traitement bioinformatique reproductibles (snakemake ou nextflow) qui auront vocation a être déployé sur le cloud académique de l'IFB et plus particulièrement dans un environnement sécurisé pour permettre le traitement des données associées au projets du PEPR SAMS. La mission secondaire concernera la formation des utilisateurs à l'utilisation des pipelines mises à disposition.

La mission principale de l'ingénieur d'étude en bioinformatique sera le développement de pipeline de métagénomique virale (assignation taxonomique, assemblage, prédiction des hôtes potentiels ... ) et la mise a disposition de bases de données de référence de génomique virale utilisées. La personne recrutée développera plus particulièrement des chaines de traitement bioinformatique reproductibles (snakemake ou nextflow) qui auront vocation a être déployé sur le cloud académique de l'IFB et plus particulièrement dans un environnement sécurisé pour permettre le traitement des données associées au projets du PEPR SAMS. La mission secondaire concernera la formation des utilisateurs à l'utilisation des pipelines mises à disposition.Expérience professionnelle souhaitée dans le domaine : entre 1 et 3 ans Compétences attendues :L’Université Claude Bernard Lyon 1 est une université pluridisciplinaire (santé, sciences, ESPE, Polytech, IUT, ISFA…). Composée de 16 composantes et 47 unités mixtes de recherche (UMR), 15 unités de recherche (UR), 17 structures fédératives dont 5 unités d’appui à la recherche (UAR).  Elle déploie son activité sur 13 sites. Elle compte près de 46 700 étudiants/étudiantes et emploie 4 921 personnels titulaires et contractuels.Le budget de l’université s’élève à 516 millions d’euros dont 362 millions au titre de la masse salariale. Elle dispose en outre de deux filiales de droit privé. Activités principales de l'agent :Logiciels ou matériels spécifiques utilisés :OpenStack, Pyarrow, S3, Google RPC, Notebook Jupyter, Docker, Python, R, KubernetesConnaissances :Savoir être :L’Université Lyon 1 propose, depuis plus de 50 ans, une formation d’excellence et une recherche de pointe.En tant qu’employeur responsable, l’Université Lyon 1 s’engage à favoriser la qualité de vie au travail, l’inclusion professionnelle et l’innovation individuelle et collective. L'université Lyon 1 et la plateforme PRABI / FR BioEEnviS est partenaire du projet cloud4SAMS financé par le PEPR SAMS porté par l'INRAE et l'Institut Français de Bioinformatique. Le PRABI recrute un Ingénieur d'Etude en Bioinformatique qui sera en charge du développement des pipelines de métagénomique virale et des bases de données de références associées qui seront déployées dans le cadre du projet cloud4SAMS.