Ingénieur.e de recherche en éco-épidémiologie H/F

Vous serez impliqué.e dans un programme de recherche qui vise à comprendre la plasticité écologique des chauves-souris liée à leur adaptation au milieu urbain, et les conséquences sur les dynamiques d’infection. Pour cela, vous rejoindrez une étude en cours sur le Petit Molosse de La Réunion, une minuscule espèce de chauves-souris insectivore, emblématique et à caractère patrimonial, car elle est le seul mammifère indigène et endémique de l’île. Cette espèce s’est adaptée à l’urbanisation croissante de l’île de la Réunion et colonise aujourd’hui de nombreux habitats urbains. Elle est également étudiée depuis plusieurs années car elle naturellement infectée par plusieurs agents infectieux à potentiel zoonotique.

Vous serez impliqué.e dans un programme de recherche qui vise à comprendre la plasticité écologique des chauves-souris liée à leur adaptation au milieu urbain, et les conséquences sur les dynamiques d’infection. Pour cela, vous rejoindrez une étude en cours sur le Petit Molosse de La Réunion, une minuscule espèce de chauves-souris insectivore, emblématique et à caractère patrimonial, car elle est le seul mammifère indigène et endémique de l’île. Cette espèce s’est adaptée à l’urbanisation croissante de l’île de la Réunion et colonise aujourd’hui de nombreux habitats urbains. Elle est également étudiée depuis plusieurs années car elle naturellement infectée par plusieurs agents infectieux à potentiel zoonotique.L’Institut de recherche pour le développement (IRD) est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui est fondé sur un modèle original de partenariat scientifique équitable avec les pays du Sud et une science interdisciplinaire et citoyenne, engagée pour la réalisation des Objectifs de Développement Durable.L’IRD co-produit une science d’excellence et d’exigence, de standard international, qui nourrit décisions et politiques publiques. Pour cela, l’IRD dispose de plus de 2200 femmes et hommes répartis au sein de 4 délégations régionales, 35 représentations en Outre-mer et à l’international et 79 unités mixtes de recherche.  L’Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et celui de l’Europe et des Affaires Étrangères. Le projet a pour objectif de mesurer comment l’urbanisation peut altérer la physiologie et le comportement des chauves-souris, et en se focalisant sur trois paramètres dans des colonies de Petits Molosses situées dans des habitats plus ou moins urbanisés : les niveaux de stress, la composition du microbiote et celle du régime alimentaire. Pour cela, nous utiliserons des échantillons biologiques qui ont déjà été collectés et sont donc déjà disponibles dans l’unité PIMIT. Nous procéderons également à la collecte de nouveaux échantillons sur le terrain pour compléter l’échantillonnage. Les conséquences sur l’infection seront analysées à travers l’étude de la prévalence et la charge virale/bactérienne de plusieurs agents infectieux tels que les paramyxovirus, les coronavirus et les bactéries leptospires, dont les dynamiques d’infection sont suivies depuis plusieurs années dans l’unité. Ce projet combinera ainsi des questions d’éco-physiologie, d’écologie microbienne et d’épidémiologie en utilisant des approches de sérologie, biologie moléculaire et bioinformatique.Sous la direction de Muriel DIETRICH, Chargée de Recherche IRD dans l’UMR PIMIT, les missions seront de :- mesurer les niveaux de stress (quantité de cortisol) dans les urines de chauves-souris, par une méthode sérologique (kit ELISA commercial).- caractériser le microbiote bactérien et le régime alimentaire à partir des fèces de chauves-souris (préparation des échantillons en laboratoire et analyse bioinformatique), grâce à des techniques de séquençage au débit permettant de mesurer la diversité et la composition des communautés bactériennes et celles d’insectes consommées.- mesurer la charge virale et bactérienne par PCR pour plusieurs agents infectieux.- participer au terrain pour la collecte de nouveaux échantillons.- analyser avec des méthodes biostatistiques les variations spatio-temporelles du stress, du microbiote bactérien, du régime alimentaire et de l’infection, en relation avec le niveau d’urbanisation des colonies de Petits Molosses.La mission première de l’IRD est de produire de la science focalisée sur la zone intertropicale et méditerranéenne et fondée sur un partenariat scientifique équitable avec les communautés d’enseignement supérieur et de recherche (ESR) des pays et régions concernés.L’objectif est le renforcement des capacités propres de l’enseignement supérieur de la recherche (ESR) des pays partenaires. Cela vise à contribuer, d’une part, aux avancées de la science universelle, d’autre part, à la satisfaction des besoins de leurs populations, en particulier les plus vulnérables.Ensemble, scientifiques et partenaires de l’Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l’innovation des leviers majeurs du développement.L’UMR PIMIT (Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical) a une vocation régionale et déploie des recherches multidisciplinaires pour mieux comprendre et prévenir les risques infectieux endémiques et émergents dans les îles du sud-ouest de l’océan Indien et les pays environnants. Sa localisation privilégiée au cœur d’un point chaud de biodiversité, d’un carrefour humain entre continents et d’une région très sensible aux changements climatiques et environnementaux propice aux émergences infectieuses offre des opportunités de réalisation d’activités de recherche et de formation au plus proche et répondant aux besoins des terrains du sud. L’unité travaille sur la diversité et la dynamique de transmission des agents infectieux chez les réservoirs animaux de la faune sauvage, en particulier les chauves-souris. Pour cela, une des activités essentielles de l’unité est le suivi écologique des populations de chauves-souris en milieu naturel et la collecte d’échantillons biologiques.