Ingénieur.e biologiste en analyse de données H/F

Notre groupe a accès à des données cliniques et à plusieurs données omiques longitudinales (métabolome, protéome, microbiome, scRNA-sequencing) issues de deux grandes cohortes françaises de patients gravement malades. Les missions de l’ingénieur.e seront de :

Notre groupe a accès à des données cliniques et à plusieurs données omiques longitudinales (métabolome, protéome, microbiome, scRNA-sequencing) issues de deux grandes cohortes françaises de patients gravement malades. Les missions de l’ingénieur.e seront de :·       caractériser l'effet de la pneumonie et de complications (i.e. cardiovasculaires) sur chaque omique,·       réaliser une intégration multi-omique·       évaluer si les signatures identifiées, par exemple la reprogrammation métabolique ou lipidique, sont associées à des événements cardiovasculaires ultérieurs.•  Formation et/ou qualification :Un doctorat (ou qualification équivalente) suivi de 2 années minimum de post-doctorat en bio-informatique.Un diplôme supplémentaire en biologie serait un atout pour l’intégration translationnelle du projet.Un très bon niveau en langage de programmation (Python ou R) est attendu.•  Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste :Une expérience ayant permis l’acquisition d’un solide savoir-faire en bio-informatique (langages de programmation, modélisation statistique, analyse prédictive et intégration de données omiques (métabolome, protéome, microbiome, transcriptome), d’une bonne expertise en immunologie et la capacité à travailler en équipe multidisciplinaire est bienvenue.Nantes Université est un établissement public d’enseignement supérieur et de recherche qui propose un modèle d’université inédit en France unissant une université, un hôpital universitaire (CHU de Nantes), un institut de recherche technologique (IRT Jules Verne), un organisme national de recherche (Inserm) et des grandes écoles (Centrale Nantes, École des Beaux-Arts Nantes Saint-Nazaire, École d’Architecture de Nantes). Le/la candidat.e retenu.e sera chargé.e des analyses bio-informatiques du séquençage immunologique, de l'interprétation des analyses multi-omiques et de la rédaction d'un manuscrit.Activités principales·       Concevoir, Développer, déployer et maintenir des méthodes d’analyses de données omiques·       Analyser des données de métabolomique et protéomique·       Interagir avec les autres membres de l’équipeRETROUVEZ LA FICHE DE POSTE EN INTEGRALITE : https://www.univ-nantes.fr/universite/recrutement/nantes-universite-recrute-un-e-ingenieur-e-biologiste-en-analyse-de-donnees-cr2ti-3La publication d’articles dans des journaux scientifiques reconnus en tant que principal auteur sera appréciée.·  Versant : Fonction publique d’État·   Type de recrutement : Catégorie A, contractuel·le, CDD 14 mois (article L.332-24 du CGFP)Ces acteurs concentrent leurs forces pour développer l’excellence de la recherche nantaise et offrir de nouvelles opportunités de formations, dans tous les domaines de la connaissance.Durable et ouverte sur le monde, Nantes Université veille à la qualité des conditions d’études et de travail offertes à ses étudiantes, étudiants et personnels, pour favoriser leur épanouissement sur tous ses campus de Nantes, Saint-Nazaire et La Roche-sur-Yon.·  Le CR2TI est une Unité Mixte de Recherche de l’Inserm et de Nantes Université basée sur le campus du CHU de Nantes et le bâtiment IRS2. Il est constitué de 6 équipes de recherche pour un total de 230 personnes (chercheurs, enseignants-chercheurs, cliniciens, étudiants, ingénieurs, techniciens) principalement dédiées au décryptage des mécanismes immunologiques et à l'amélioration du diagnostic et des traitements dans les domaines de la transplantation d’organes, des maladies inflammatoires, auto-immunes et des maladies infectieuses.·  L’équipe 6, Relations hôte-microbiome, est située dans le bâtiment de l’IRS2 sur l’île de Nantes. Elle est composée de 40 personnes environ et s’intéresse à la compréhension de la réponse immunitaire aux infections pulmonaires en utilisant des approches translationnelles. Son domaine scientifique couvre la plupart des aspects des relations hôte-microbiome-pathogène chez les patients et les modèles animaux. Les projets de l’équipe visent à mieux comprendre l’immunosuppression acquise après un stress inflammatoire aigü, en mettant l’accent sur les altérations à long terme des cellules immunitaires du poumon et du microbiote. Des approches omiques de pointes couplées à des méthodes analytiques de précision sont utilisées pour générer et valider des hypothèses.